Позвоночник большой голомянки по счетным признакам, чрезвычайно близок к таковому малой голомянки. Отличия наблюдаются лишь в несколько меньшем количестве туловищных позвонков у большой голомянки, меньшем количестве у нее epipleuralia и большем числе дополнительных, неветвистых лучей в хвостовом плавнике. Что же касается морфологических особенностей, то прежде всего нужно отметить большую пористость всех костных элементов и их несколько большую площадь при таком же или даже несколько еще более облегченном весе. Заметим также, что туловищные позвонки С. baicalensis, начиная с IV, в еще большей мере напоминают позвонки хвостового стебля, нежели у малой голомянки.
Первые позвонки устроены совершенно так же, как и у С. dybowskii; сосковидные парапофизы появляются с III или IV позвонка и наблюдаются также до VII—IX, но epipleuralia сидят на них несколько ближе к телу позвонка. Настоящих ребер нет. Позвонки хвостового стебля и собственно хвостовые позвонки устроены как у малой голомянки, но на предпоследнем нет второй автономной spina haemalis. Уростилярный позвонок у большой и малой голомянок так же сходен, но у первой второе и третье epuralia соединены между собой более заметным швом.
Interneuralia никогда не бывает менее 43 элементов, тогда как у малой голомянки изредка наблюдается даже 41 элемент. Число interhaemalia более изменчиво и варьирует от 30 до 35 элементов.